明嘉靖十二年（1533年）底，漕运总兵一职空缺。漕运堪称“天下利薮”，总免不了各级官吏兵丁的贪墨、揩油，漕粮运到京师总有各种损失。漕运总兵专督漕粮运输，谁能担当此大任呢，这让朝廷很伤脑筋。

此时，一位御史上奏推荐了刘玺，嘉靖帝见后大喜：“这不是人们常提到的那个‘穷鬼’吗？”当即准奏，不久，刘玺即正式升任漕运总兵。

刘玺，字廷守，出身于一个军官世家。明武宗时，他曾任南京旗手等卫的把总。明朝在军事上采用卫所制，卫下设所，分镇全国，《明史·职官志》中有“旗手等卫”词条，包括旗手卫、府军前卫、金吾、羽林等十九卫，腾骧等四卫，把总的品级不高。当时，正是提督东厂兼锦衣卫的江彬得势之时，他向刘玺索要好处，刘玺不买他的账，断然拒绝其要求。

后来，刘玺又被调至江西负责运粮事务，他平素穿着朴素得像个穷书生，根本看不出身居要职，尤其是外人认为油水颇丰的运粮官。他的妻子也很简朴，“布衣不完”，竟连一件像样的好衣服也没有。因此，当时有“僚友比之学官，家人谓之穷鬼”的说法。“穷鬼”这个绰号在官场不胫而走，甚至传到了嘉靖帝耳中。

漕运是明代国家命脉所在，以武职重臣统领官兵负责运送漕粮，所辖军队达十二总镇，每年运粮四百万石。职、权、利之重，如同泰山一样。作为天下最丰肥的利益所在，当时很多人都把目光盯在漕运上，占用漕运输送财物，漕运官员不敢不从，这已形成了积弊。

刘玺上任后，翊国公郭勋率属下大肆收罗南方的奇珍异宝，然后强迫漕运官给他们派船，将珍玩运入京城。刘玺得知后坚决抵制，他知道郭勋位高权重，不好对付，便事先在船中准备好一口棺材，待郭勋派的人来到船上时，刘玺右手持刀、左手指着来人说：“即使我今天死在这里，也决不能为接运你们的私货坏了朝廷立下的规矩。想要船的就过来吧。”来人见刘玺愤怒的神情，吓得心惊胆战，一句话不敢回答就逃走了。

自此以后，再无人敢来要求用漕船运送私货。刘玺励精图治，“增余丁月粮以均劳逸，定考课以裨军政，明漕规以一众心，疏浚江南河道以济粮运，拆兑山县粮米以免稽迟”。种种努力，使得漕运局面一新，朝廷予以表彰。

刘玺为人刚正严厉，督漕十年间，无人敢向他私下请托不法之事，下属大着胆子深夜送钱给他，被他严厉拒绝；他居官清贫，但是过年时却一定要用节省的俸银接济亲朋。嘉靖二十三年（1544年），刘玺离任后，淮安军民痛哭流涕前来送别，只见他行装萧然，包裹里只有几卷书而已。